錬金魔導研究科
学科主任：結城刹那（故人）
不完全性から完全性を生み出す錬金魔導の行使を専門とする学科。
ただし、学問そのものは、錬金魔導の大成者である結城刹那論の提唱から停滞しており、現在は今は亡き結城刹那の遺した文献について研究が進められている。
錬金魔導自体、「失われた学問」と揶揄されることもあり、研究科の存在が公にされておらず、正式な入学窓口がないため、学生数は他に比べ圧倒的に少ない。
大魔法【ミスティック・ユニオン（神秘的合一）】
表：全てのクラスの特技の中から、好きな特技を２つ選ぶ。シナリオ終了時まで、味方１人はその特技を使用することができる。
裏：完全性へ向かうための変成の技術によって、物に命を吹き込むことができる。
基礎能力値
アクションマジック値 ６
リアクションマジック値 ５
リベラルアーツ値 ６
特技一覧
「大いなる業（マグヌム・オプス）」 消費TP3 種別A
戦闘空間上に存在する好きな特殊オブジェクトを１つ、変成元として選び、サーバントに変成する。
「黒化（ニグレド）」消費TP2 種別A
戦闘空間上に存在する好きなサーバント１体のランクを１上昇させる。
「白化（アルベド）」消費TP1 種別A
次の自分のアクションフェイズまでの間、サーバントが魔法攻撃の対象に選ばれたとき、自分がその魔法攻撃の対象でなければ、代わりに自分が魔法攻撃の対象になることができる。
「赤化（ルベド）」消費TP4 種別A
敵全員が受けているグッドステータスを全て消去する。１シナリオに１回まで使用可能。
アイテム一覧（魔法の発動体）
※スマートフォンをお使いの方で、表が見にくい場合、スマートフォンを画面横向きにしてご覧ください。
| 名前 | 攻撃力 | 防御力 | 最大HP | 最大TP | SS値 | 移動値 | 効果 |
| エメラルドタブレット | 1 | 1 | 10 | 10 | 2 | 0 | 戦闘開始時、初期ランクが５以下のサーバントを１体選び、好きな１マスに召喚する |
| 霊属性のマナ | 0 | 0 | 20 | 20 | 3 | 0 | 移動タイミングを消費することで、戦闘空間上のオブジェクトの存在していない好きな１マスに、耐久値１０以下の好きなオブジェクトを１つ置く |
| マスターピース | 1 | 1 | 20 | 5 | 1 | 0 | サーバントを変成するとき、召喚されるサーバントの初期ランクを＋１する |
| 自我 | 2 | 2 | 5 | 5 | 0 | 0 | 名前の異なるサーバントオーダーであれば、サーバント１体につき、１ラウンドに２回まで行える |